ジャングルホテル・パイヌマヤは、沖縄本島のさらに南、八重山諸島の最大の島である西表島の北東部に位置しています。
東洋のガラパゴス島と呼ばれるほど、特異な生態系を見せる西表島へのアクセスは、石垣島からフェリーで約60分です。
西表島大原港より上原方面へ約30分、上原港より大原方面へ約30分ほどの位置になります。